Why did smallpox kill such a large proportion of Indigenous people?

Indigenous populations had no prior exposure to smallpox, so their immune systems had no learned response. In immunologically naive populations, transmission is faster and mortality far higher than in populations with partial immunity from prior exposure.

What is a viral phylogenetic tree and why does it matter here?

Phylogenetics reconstructs evolutionary relationships by comparing DNA sequences. CAM9's position between pre-contact European strains and later colonial-era variants confirms it is an early arrival — not a re-introduction — and fills a gap in the viral family tree.

Will this approach find other colonial-period pathogens in the Americas?

The bioinformatic pipeline that found CAM9 screens for multiple pathogens simultaneously. The same dataset could reveal other diseases in the Camarones 9 population. Researchers have called for expanded analytical infrastructure across Latin America.

Ces deux momies chiliennes prouvent que la variole est venue d’Europe

Pendant cinq siècles, la pire épidémie de l’histoire des Amériques n’avait laissé aucune trace moléculaire. Les récits historiques décrivaient comment la maladie avait balayé les empires aztèque, maya et inca ; les registres de population suivaient l’effondrement ; mais le virus lui-même n’avait jamais été retrouvé depuis le premier contact. Deux momies ont changé cela.

Leurs os, préservés par l’extrême aridité du nord du Chili, contenaient des fragments identifiables de Variola major — le virus de la variole. Cette découverte est la première preuve moléculaire confirmant que la variole est arrivée en Amérique depuis l’Europe. Les chercheurs, dirigés par Bruno Romero González du Trinity College Dublin, ont récupéré un ADN viral si distinctif qu’il a nécessité une nouvelle désignation de souche : CAM9.

Comment l’ADN viral a survécu dans les os

Les deux individus — une femme estimée à trente-cinq ans et un homme d’environ dix-huit à vingt ans — ont été trouvés sur un site archéologique appelé Camarones 9, près de la côte pacifique du nord du Chili. Leur préservation était naturelle : l’extrême aridité de la région a maintenu leurs restes intacts suffisamment longtemps pour que la matière organique survive au niveau moléculaire.

L’équipe ne cherchait pas initialement des pathogènes. Romero González traitait des échantillons d’os pour des données d’ancêtre démographique lorsqu’il a appliqué un pipeline bioinformatique qui analyse les lectures brutes d’ADN à la recherche de signatures de pathogènes. Le logiciel a trouvé du matériel viral dans les deux momies. Une fois séquencé et comparé aux génomes connus de variola, les résultats ont placé les deux individus comme victimes de la même épidémie — leurs génomes viraux étaient presque identiques, excluant des expositions séparées.

Le travail a été réalisé en étroite collaboration avec Constanza de la Fuente Castro de l’Université du Chili, qui a souligné la difficulté technique : travailler avec un ADN ancien qui a accumulé des dommages chimiques au fil des siècles et existe à de très faibles concentrations nécessite des méthodes de détection sensibles et une analyse phylogénétique minutieuse pour éviter les erreurs de classification.

Ce que CAM9 révèle sur la traversée

La position évolutive de la nouvelle souche est au cœur de la découverte. Dans l’arbre généalogique viral, CAM9 se situe entre les lignées européennes médiévales documentées avant le contact avec les Amériques et les variantes ultérieures de l’époque coloniale trouvées dans d’autres échantillons archivés et momifiés. Cette position est précisément celle où une souche nouvellement arrivée devrait apparaître : elle n’avait pas encore accumulé les mutations qui se sont produites au fil des générations de transmission en Amérique.

« Les archives historiques peuvent capturer globalement ce qui s’est passé dans le passé, mais elles ne sont pas forcément très précises sur le plan local », a déclaré le Dr Shigeki Nakagome du Trinity College Dublin, co-auteur de l’étude.

La chronologie évolutive qui émerge des données se divise en trois phases. Avant le contact européen, la variole évoluait rapidement parmi les populations denses de l’Ancien Monde. Pendant les épidémies coloniales majeures des XVIIe et XVIIIe siècles, le rythme évolutif a ralenti — le virus semble avoir atteint un optimum pour la transmission dans des populations sans immunité préalable, et la pression de sélection s’est temporairement atténuée. Plus tard, alors que les campagnes de vaccination réduisaient les hôtes susceptibles, le rythme évolutif a augmenté à nouveau alors que le pathogène s’adaptait pour échapper à une immunité partielle.

L’ampleur de la catastrophe représentée par ces génomes

Les épidémies de variole ont redessiné l’histoire démographique de deux continents. Les estimations de la mortalité autochtone due à la maladie et aux perturbations coloniales qu’elle a facilitées atteignent jusqu’à 90 % de la population pré-contact dans les régions les plus touchées, avec environ quatre millions de décès directement attribuables au pathogène. La maladie précédait souvent les armées coloniales, se propageant à travers les réseaux commerciaux autochtones existants et réduisant la résistance avant les confrontations militaires.

Le site de Camarones 9 n’a aucun enregistrement historique d’épidémies documentées de variole, ce qui pose une question que les génomes CAM9 seuls ne peuvent répondre : comment le virus a-t-il pu atteindre si loin au sud depuis son point d’introduction initial ? Les chercheurs suggèrent qu’il a voyagé le long de ces mêmes réseaux commerciaux — cohérent avec la vitesse de propagation épidémique visible dans les archives coloniales.

Ce que cette preuve laisse encore en suspens

Le fondement de l’étude repose sur deux individus d’un seul site. Cela suffit pour établir l’existence et la position évolutive de CAM9, mais pas assez pour déterminer combien d’introductions séparées de variole ont eu lieu à travers les Amériques, à quelle vitesse elle s’est propagée ou si CAM9 représente l’introduction initiale ou une vague ultérieure.

L’ADN ancien provenant d’échantillons aussi anciens est fragmenté et existe en faibles concentrations, ce qui signifie que la détection repose sur des outils informatiques entraînés sur des familles de pathogènes connues. Une souche nouvelle — comme CAM9 — nécessite un placement phylogénétique minutieux avant une identification confiante. Des génomes supplémentaires provenant d’autres sites et périodes seront nécessaires pour retracer l’intégralité du parcours.

La fourchette de dates des deux momies — quelque part entre environ 1492 et 1631, soit près de 140 ans — laisse une incertitude temporelle quant à la date précise à laquelle la communauté de Camarones 9 a rencontré l’épidémie. La situation du site près de la côte pacifique suggère que le virus pourrait être arrivé par des routes commerciales maritimes, mais ce cheminement reste spéculatif sans preuve corroborante.

Questions fréquentes sur la variole et les Amériques

Pourquoi la variole a-t-elle tué une si grande proportion de populations autochtones ? Les populations autochtones des Amériques n’avaient jamais été exposées à la variole ou à ses proches parents, ce qui signifie que leurs systèmes immunitaires n’avaient aucune réponse apprise. Lorsqu’un virus pénètre dans une population immunologiquement naïve, la transmission est plus rapide et la mortalité plus élevée que dans les populations portant une immunité partielle due à des expositions antérieures. L’échelle de la mortalité était la conséquence directe de l’introduction d’un pathogène à une population qui ne l’avait jamais rencontré.

Qu’est-ce qu’un arbre phylogénétique viral et pourquoi est-il important ici ? La phylogénie reconstruit les relations évolutives en comparant des séquences d’ADN entre échantillons. Les souches plus récentes présentent moins de mutations par rapport à une séquence ancestrale ; les souches dérivées en portent davantage. La position de CAM9 entre les souches européennes pré-contact et les variantes ultérieures de l’époque coloniale confirme qu’il s’agit d’une arrivée précoce — et non d’une réintroduction provenant d’une vague ultérieure. Son emplacement dans l’arbre généalogique viral était auparavant vide.

Cette approche permettra-t-elle de découvrir d’autres pathogènes de la période coloniale en Amérique ? Le pipeline bioinformatique qui a identifié la variole dans les échantillons de Camarones 9 a été conçu pour détecter simultanément plusieurs pathogènes. La même base de données qui a fourni CAM9 pourrait contenir des preuves d’autres maladies infectieuses affectant la même population. L’équipe de recherche a appelé à un financement accru et à une infrastructure analytique dans les institutions à travers l’Amérique latine, afin que les découvertes futures provenant de sites archéologiques de la période coloniale puissent être analysées et conservées dans les pays où les restes ont été trouvés.

L’étude a été publiée dans Science. Le génome CAM9 est attendu pour ancrer des travaux comparatifs ultérieurs alors que les restes de la période coloniale à travers le continent sont examinés en utilisant des méthodes similaires.

Référence : Romero González et al., « Ancient smallpox genomes reveal how European colonization brought the disease to the Americas », Science, 2026. DOI: 10.1126/science.aee6957

Étiquettes: archéologie, ADN ancien, Bruno Romero González, CAM9, Camarones 9, smallpox