132 génomes néolithiques près de Paris lient la peste à un effondrement continental

Une seule tombe de l’âge de la Pierre, à 50 kilomètres au nord de Paris, ancre désormais l’une des énigmes archéologiques les plus tenaces d’Europe. L’équipe a séquencé les génomes complets de 132 individus inhumés dans la galerie mégalithique de Bury et identifié deux populations génétiquement distinctes empilées dans la même chambre, séparées par un abandon apparent. La communauté qui est revenue y enterrer ses morts des siècles plus tard ne descendait pas de la précédente.

Les sépultures se répartissent en deux phases. La première va à peu près de 3200 à 3100 avant notre ère. La seconde reprend vers 2900 avant notre ère et se poursuit jusqu’à environ 2450. L’écart entre les deux coïncide avec un signal que l’archéologie signalait depuis des années : cimetières vides, forêts qui regagnent les terres cultivées, effondrement du nombre de villages en France, en Allemagne, en Scandinavie et dans les îles Britanniques autour de 3000 avant notre ère. La continuité génétique à travers ce seuil, personne n’avait pu la tester directement. À Bury, il n’y en a pas.

Le groupe ancien apparaît comme les derniers descendants des premiers agriculteurs d’Europe, dont les ancêtres avaient marché depuis l’Anatolie des millénaires plus tôt. Le groupe postérieur affiche un profil ancestral différent, avec des apports de communautés plus méridionales. Dans la phase ancienne, plusieurs dents conservent les traces génétiques de deux maladies infectieuses : Yersinia pestis, la bactérie de la peste, et le spirochète responsable de la fièvre récurrente. Les squelettes d’enfants et d’adolescents y sont surreprésentés, une signature démographique d’épidémie plutôt que d’attrition ordinaire.

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Pour situer le résultat, la meilleure preuve antérieure d’une mortalité néolithique restait indirecte — carottes polliniques montrant des forêts qui reprenaient des champs abandonnés, comptages archéologiques d’habitations divisés par deux dans certaines régions. Ces données pouvaient se lire comme des gens qui partaient, pas comme des gens qui mouraient. Un échantillon de 132 génomes d’un même site, avec de l’ADN de peste dans la couche ancienne et une rupture génétique au milieu, resserre les alternatives.

L’architecture sociale change aussi entre les deux phases. Les sépultures anciennes ressemblent à des familles sur plusieurs générations déposées ensemble. Les plus récentes se regroupent autour d’une seule lignée masculine, à laquelle femmes et enfants se rattachent. C’est un schéma reconnu dans une grande partie du Néolithique final et de l’âge du Bronze ancien européens, généralement associé aux expansions Cordée et Campaniforme.

Une seule tombe reste une seule tombe. Reste à voir si la même cassure apparaît dans d’autres sites du Bassin parisien, et si la peste a causé l’effondrement ou n’en a été que le symptôme dans des populations déjà en difficulté. L’équipe a séquencé les dents d’un seul cimetière et n’a récupéré de l’ADN pathogène que sur une fraction. La survie des pathogènes dans les dents anciennes est inégale, son absence ailleurs ne sera donc pas simple à interpréter.

Le groupe, mené depuis Copenhague avec des archéologues français, veut maintenant étendre la méthode à d’autres galeries couvertes du nord de la France et comparer la signature génomique avec des sites contemporains en Allemagne. L’article a paru dans Nature Ecology & Evolution le 3 avril 2026.

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